서울시는 2004년 보건복지부로부터 녹번동의 국립보건원 부지 약 11만m(3만3천평)을 매입했다. 녹번동 부지에 입주해 있던 시설은 질병관리본부 관련 시설들과 식품의약품안전처 관련 시설들로 서울 시유지 중에는 가장 넓은 규모였다. 부지활용에 대한 서울시의 정책은 대규모 공연장, 어르신 실버타운, 컨벤션, 서울시립대 제2캠퍼스 유치 등 시기마다 변경되었으며, 상업적인 부지로 용도 변경을 원하는 이들이 많았다.
2010년 질병관리본부, 식품의약품안전처 관련시설 충북 오성으로 이전
2011년 서울시장 보궐선거, 박원순 후보 당선
2012년 3.9 ‘서울시립대’ 유치를 위한 은평추진위원회' 발족
5.7 서울시 '서울혁신파크 조성계획' 공식 발표
9.11 서울시 마을공동체 종합지원센터 개소
12.1 협동조합기본법 시행
2013년 2. 11 서울시 인생이모작센터 개관
4. 11 청년일자리허브, 사회적경제지원센터 개소
2014년 4.16 세월호 참사
박원순 제36대 서울시장 취임
서울시 협동조합지원센터 입주
2015년 서울혁신센터 개소
6.23 서울혁신파크 ‘전대미문 프로젝트’ - 혁신가 1,000명 모집 공고
6.26 서울혁신파크 론칭이벤트
7.30 서울시 서울혁신파크 설치 및 운영에 관한 조례 시행
9.1 청년청 개관
9.10 2015 서울마을박람회 제8회 마을만들기전국대회 개최
12월 서울혁신파크 공공기관 담장 개방 및 녹화사업
1960년대 국립보건연구원 부지 모습 (출처 : 서울역사박물관)
출처: 2014년 청년공간문화플랫폼시범사업: 혁신파크 공간, 어떻게 조성할 것인가
2011년 박원순 서울시장 취임 후 이곳을 사회혁신의 집적 공간으로 조성하기 위한 계획이 수립되었으며, 2012년 서울시 마을공동체 종합지원센터가 식품의약부안전처 8동 생물생명공학실험동 3층에 처음으로 자리잡으면서 구체화되었다.
2012년부터 2015년까지는 마을, 청년, 사회적경제, 협동조합, 인생이모작센터 등 다양한 중간지원기관이 먼저 입주하여 '사회혁신파크'라는 공간의 정체성을 형성하고 물리적인 기반을 마련하는 기간이었다. 오랫동안 시민들의 접근이 금지되었던 국립보건원의 녹지는 입주단체의 행사 장소와 휴식 공간으로 활용되면서 파크, 공원으로 거듭나게 되었다.